Али пришел к власти после убийства Османа и встретил серьезную оппозицию своему правлению, которая завершилась многочисленными военными конфликтами. Первый из них разыгрывался под Басрой и в дальнейшем продолжался в течение всего его правления, с которым связаны борьба за укрепление во владениях в низовьях Тигра и Ефрата, утверждение в Сирии, некоторые законодательные изменения в провинциальном устройстве халифата, а также борьба за власть между Али и Муавией, основателем первой халифской династии Омейядов. Все попытки примирения между сторонниками Али и Муавии связывались с выработкой законодательства о престолонаследии и в целом о праве различных потомков Мухаммеда на власть. В 658 г. был проведен опыт урегулирования этих отношений путем третейского суда. Однако сразу после этого опыта племенная борьба резко обострилась. Али стал действовать в основном с вновь обретенных территорий в Ираке, где в дальнейшем при закреплении власти халифата была основана новая столица Багдад. В низовьях Междуречья находятся и основные святыни шиитов, то есть потомственных почитателей и сторонников халифа Али и его семейства.

Со времени правления Али складывается противоречие между установлениями, принятыми первыми халифами, которые дополняют коранические узаконения и возражениями шиитов, которые принимают в качестве основных правил своего поведения сам Коран и хадисы, то есть переданные устным путем сообщения о мнениях и постановлениях и высказываниях пророка Мухаммеда. С шиизмом входят в быт критика хадисов, ибо шиитами отвергаются все те из них, которые вступают в противоречие с текстами Корана. Внутренняя борьба в халифате осложнялась еще и непрекращающимися военными действиями Византии. В январе 661 г. Али был убит противниками-хариджитами в соборной мечети, но его сторонники попытались передать власть его сыну Хасану, однако, это было всего лишь этапом в продолжении борьбы между прямыми потомками пророка и членами его рода, которую возглавил Муавия и его окружение. Со смертью Али власть переходит к династии халифов Омейядов.